Las islas situadas al oeste de la línea (Sumatra, Java, Bali y Borneo) comparten una fauna similar a la del sureste asiático, en particular mamíferos como los tigres, rinocerontes y simios.
Australia (junto con Tasmania), Nueva Guinea y las islas Aru constituían en el pleistoceno un mismo continente emergido, Sahul, separado de la Wallacea por otra fosa marina, la línea de Lydekker.
La línea de Weber determina por lo tanto el verdadero límite zoológico entre la región indomalaya (la Sonda) y Australia-Nueva Guinea (Sahul).
Entre las especies más amenazadas se encuentran las aves del paraíso, de la familia Paradisaeidae.
Como en el resto del mundo, los ecosistemas de Wallacea empezaron a verse particularmente afectados por las actividades humanas en el transcurso del siglo XX, durante el cual la población de Indonesia se cuadriplicó.
Para aliviar la presión demográfica, el programa de transmigración aplicado por el gobierno indonesio de Suharto pobló sin discernimiento pequeñas islas cuyo equilibrio ecológico es particularmente frágil debido a su reducido tamaño.
Los inmensos incendios provocados por la tala a gran escala de los bosques, a menudo ilegal, se han visto agravados por los incendios asociados al fenómeno de El Niño que ha asolado la región desde 1997.
El consecuente empobrecimiento de amplias regiones convertidas en sabanas secas está preocupando tanto al gobierno indonesio como a la comunidad internacional.
La explotación maderera y minera indiscriminada, así como las plantaciones agrícolas extensivas se perfilan como los mayores peligros para los ecosistemas de Wallacea.
Esos porcentajes varían considerablemente de una isla a otra: se estima que en las islas menores de la Sonda queda el 7 % del bosque original mientras que esta tasa sube a 42 % en Célebes.
Nusa Tenggara y las islas Molucas gozan de menos protección.