[2]​ Existe en dos formas isoméricas que difieren en la disposición de los sustituyentes en el enlace doble.

[5]​ El ácido trans-vaccénico se encuentra en pequeñas cantidades en las grasas de los rumiantes, por ejemplo 2,3 % en mantequilla.

[3]​ El ácido cis- o (Z)-vaccénico posee un punto de fusión claramente más bajo y tiene un efecto hemolítico.

Además del plasma sanguíneo, también se encuentra en diversos tejidos animales, en las grasas naturales[3]​ y en el aceite de pescado.

También se encuentra de forma natural en la grasa de las semillas de muchas plantas, por ejemplo, en el guaraná (Paullinia cupana) hasta un 30 % aproximadamente y en el ginkgo (Ginkgo biloba) y en la pulpa del caqui (Diospyros kaki) hasta un 30 % aproximadamente o en la del pomelo (Citrus paradisi) y también en la de la naranja (Citrus sinensis) hasta un 15-20 %.