Sin embargo, recibe vertidos de residuos tóxicos industriales y domésticos.
[10] Durante los siglos XVII y XVIII, se establecieron grandes haciendas a lo largo de este río.
En México, la dependencia oficial encargada de monitorear la calidad del agua superficial (ríos, arroyos, lagos, lagunas, presas, y zonas costeras) y subterránea (pozos) es la Comisión Nacional del Agua (CONAGUA), y lo hace a través de la Red Nacional de Monitoreo.
En estas actividades económicas se ha puesto poco o ningún énfasis en el tratamiento y reciclaje de las aguas residuales.
Gracias a la intensa presión pública se elaboraron planes gubernamentales que mejoraron la calidad del agua en la década de 1990.
Se estaban construyendo otras seis instalaciones de tratamiento para aumentar la capacidad regional a 9.56 metros cúbicos por segundo.
[14] La porción del río Lerma de la cuenca Lerma-Chapala se considera la más contaminada, especialmente en los tramos más cercanos a su nacimiento, cerca de Almoloya del Río.
Desde 2005, los contaminantes industriales se han convertido en una grave preocupación, así como la continua pérdida de vida vegetal en el propio río y sus alrededores.
[16] Las partes bajas del río, más cercanas al lago de Chapala, están en mejor estado porque hay menos urbanización.
[17] La contaminación del agua afecta no únicamente a animales que habitan en los ríos contaminados como el Lerma, sino también a organismos que dependen de éstos como alimento.