Las afinidades del grupo no son claras y, en principio, los gondwanaterios fueron interpretados como xenartros, es decir mamíferos "desdentados" similares a los actuales osos hormigueros.
Esto es algo irónico, teniendo en cuenta que fueron conocidos inicialmente solo por sus dientes.
La familia Ferugliotheriidae fue nombrada por José Fernando Bonaparte en 1986, e incluye a un único género, Ferugliotherium.
Se han hallado fósiles adicionales en la India y la Antártida, donde los gondwanaterios poblaban los exuberantes bosques del período Eoceno.
Esto sugiere una importante limitación paleoecológica relacionada con el modo de alimentarse en este grupo.