Tiene su origen en el Gymnasium, institución de confesión protestante, fundada en esta ciudad por Jean Sturm en 1538 que adquirió el rango de universidad en 1621.
Es la única universidad que se le otorgó en 1947 la medalla de la resistencia ya que muchos de sus estudiantes se unieron a la résistance durante la Segunda Guerra Mundial.
[2] Desde la anexión de 1871, se dio un nuevo impulso con la construcción del barrio universitario con edificios como el Palais universitaire.
En la década de 1950-1960 fue diversificando sus disciplinas y extendiéndose a nuevos edificios para dar cabida al rápido crecimiento de estudiantes que pasaron de 5544 en 1956 a 16221 en 1966, y se acogieron a eminentes sabios como Jean-Marie Lehn, premio Nobel.
Se dividen en cinco áreas principales de capacitación establecidos por la universidad.