Participó en los tres viajes de exploración del HMS Beagle, buque en el que permaneció embarcado dieciocho años.
Fue el segundo hijo de Henry Stokes y Anne Phillips.
El buque estuvo listo para iniciar la comisión en mayo de 1826.
John Lort fue designado teniente y ayudante del oficial hidrógrafo.
Stokes se casó con Louisa French Garratt, anteriormente Partridge, una viuda.
No se sabe dónde o cuándo tuvo lugar el matrimonio.
Desde 1859 hasta 1862 se dedicó a inspeccionar la costa este de Devon y el río Tamar.