FitzRoy había pensado en las ventajas de tener un experto en geología a bordo, y buscó a un caballero naturalista que pudiera ser su compañero mientras que el barco estaba en el mar.
[1] A principios de la travesía, decidió que podía escribir un libro sobre la geología, y mostró un don para la teorización.
El comandante determinaría entonces su propia ruta al oeste: si la temporada lo permitía, se podrían estudiar las islas Galápagos.
[3] No debía perderse tiempo en elaborados dibujos; los diagramas y planos debían tener notas y vistas simples de la tierra como se ve desde el mar mostrando las alturas medidas de las colinas.
Poco después FitzRoy supo que sería nombrado comandante del HMS Chanticleer para ir a Tierra del Fuego, pero debido a su mal estado, esa nave fue sustituida por el Beagle.
Una vez asignado el Beagle al mando del capitán Robert FitzRoy, este de inmediato no reparó en gastos para remodelarlo ampliamente, y de inmediato lo ingresó a astilleros.
El revestimiento adicional añadió al casco unas siete toneladas y tal vez quince a su desplazamiento.
FitzRoy obtuvo cinco ejemplares del Sympiesometer, una especie de barómetro de mercurio patentado por Alexander Adie y seleccionado por FitzRoy para proporcionar las lecturas exactas requeridas por el almirantazgo.
Contrató a un fabricante de instrumentos matemáticos para mantener los veintidós cronómetros marinos que se encontraban en su camarote, e invitó al artista y dibujante Augustus Earle para ir, a título privado.
[8][11] En el anterior viaje del Beagle, FitzRoy había lamentado que nadie a bordo tuviera experiencia en mineralogía o geología para aprovechar la oportunidad de "conocer la naturaleza de las rocas y tierras" de las zonas visitadas, y resolvió que si había una expedición similar, "iba a tratar de llevar una persona competente para examinar la tierra, mientras que los oficiales y yo, realizaríamos la hidrografía".
[12] Esto significaba claramente la necesidad de llevar a un naturalista calificado en geología, que pasaría períodos considerables en tierra, lejos del barco.
[13] FitzRoy, por primera vez estaba totalmente a cargo, sin oficial al mando o segundo capitán al que consultar, y sintió la necesidad de tener a un caballero de compañero, que compartiera sus intereses científicos, quien podría cenar y compartir con él, de igual a igual.
Cuando Darwin regresó a casa a última hora del 29 de agosto y abrió las cartas, su padre se opuso enérgicamente al viaje, así que al día siguiente escribió rechazando la oferta.
Ese día, Beaufort escribió a FitzRoy para decirle que su amigo Peacock había "logrado conseguirle un ' savant '(sabio), un señor Darwin, nieto del conocido filósofo y poeta, lleno de celo y emprendedor".
FitzRoy enfatizó las dificultades del viaje, incluidas las condiciones de hacinamiento y la comida sencilla.
Pero cenaron, pasaron una semana juntos para llegar a conocerse y se agradaron mutuamente.
Beaufort confirmó que Darwin estaría libre de retirarse en cualquier etapa adecuada y tendría el control sobre la elección de a cual "organismo público" le daría sus propias colecciones.
Darwin no estaba mareado y sentió agradable la "navegación de tres días".
Cuando por primera vez Darwin vio el Beagle le pareció "muy pequeño" y estrecho.
[23] Cuando estudió geología en su segundo año en Edimburgo, la encontró aburrida, pero entre abril y agosto de 1831 aprendió mucho con Adam Sedgwick y desarrolló un gran interés durante su viaje, en el campo geológico.
[24] Estudió las pequeñas criaturas marinas con Grant durante unos meses y en Cambridge había recogido escarabajos, pero era un novato en todas las demás áreas de la historia natural.
Durante el viaje, Darwin investigó la geología y pequeños invertebrados, mientras recogía especímenes de otras criaturas para que los examinaran otros expertos y describirlos una vez que el Beagle regresara a Inglaterra.
El Almirantazgo no había especificado con precisión su itinerario a través del Pacífico, ya que no podía estar seguro de qué tan al norte podrían relevar en el tiempo disponible, y por lo tanto, no podían precisar donde y cuando estarían, pero especificaba que debían parar en Tahití, un punto de longitud bien determinada previamente.
Posteriormente el Beagle visitó Tahití, Nueva Zelanda, Australia y Mauricio.