En 1826 fue comisionado teniente y asignado al HMS Adventure, un buque hidrográfico comandado por el capitán Phillip Parker King.

Experiencia que le sería de gran utilidad para sus próximas comisiones.

El Beagle durante esta comisión embarcó al joven naturalista Charles Darwin que se convirtió en amigo de John.

Darwin, que era diez años menor se expresó posteriormente así de Wickham: "es un excelente compañero.

[3]​ Wickham estaba gravemente enfermo por lo que regresó a Inglaterra y se retiró de la armada.

Una vez restablecido se preparó para volver a Nueva Gales del Sur y contraer matrimonio.

No pasó mucho tiempo antes que recibiera una oferta para ocupar un puesto en la administración civil de la colonia.

A medida que pasaba el tiempo Wickham vio la necesidad de construir una casa más acorde con su estatus social y oficial.

Su amigo Leslie procedió rápidamente a construir allí una casa de campo.

Wickham regresó a Brisbane para reorganizar su vida, llevaba 10 años como juez de policía de Moreton Bay, sus tareas habían aumentado según aumentaba la población y además le habían subido su sueldo a £500 anuales.

Como ahora iba a ser reemplazado como primer ciudadano por un gobernador, se le ofreció el puesto de tesorero colonial que rechazó decidiendo regresar con su familia a Gran Bretaña.