Tras la muerte del director, Ellis ocupó su puesto durante un año, pero era demasiado joven e inexperto como para tener éxito.
Había decidido dedicarse al estudio del sexo y creía que lo podría conseguir mejor desde la perspectiva de la medicina.
Ingresó en la organización The Fellowship of the New Life («La Hermandad de la Vida Nueva») en el año 1883, donde tuvo la ocasión de conocer a otros activistas sociales, como por ejemplo Edward Carpenter y George Bernard Shaw.
Según cuenta el mismo Ellis en My Life, a sus amigos les divertía el hecho de que fuera considerado un experto en sexo, considerando que padeció de impotencia hasta los 60 años, cuando descubrió que podía tener una erección con la observación de una mujer orinando.
Describe las relaciones sexuales entre hombres homosexuales y jóvenes, lo que Ellis no consideraba una enfermedad ni algo inmoral o delictivo.