Cuando llegaron al territorio de Zunilito que anteriormente fue un paraje de Zunil Grande, pudieron observar la imagen de Santa Catalina[3]​ y luego les imploraron que protegiera a su pequeño pueblo diciendo «Protege a nuestro Zunilito».

Fue allí en donde surgió el nombre de Zunilito, ya que significa «Zunil Chiquito».

Aunque se trata de entidades autónomas, se encuentran sujetos a la legislación nacional y las principales leyes que los rigen desde 1985 son: El gobierno de los municipios está a cargo de un Concejo Municipal[6]​ mientras que el código municipal —ley ordinaria que contiene disposiciones que se aplican a todos los municipios— establece que «el concejo municipal es el órgano colegiado superior de deliberación y de decisión de los asuntos municipales […] y tiene su sede en la circunscripción de la cabecera municipal»; el artículo 33 del mencionado código establece que «[le] corresponde con exclusividad al concejo municipal el ejercicio del gobierno del municipio».

[7]​ El concejo municipal se integra con el alcalde, los síndicos y concejales, electos directamente por sufragio universal y secreto para un período de cuatro años, pudiendo ser reelectos.

[6]​[7]​ Existen también las Alcaldías Auxiliares, los Comités Comunitarios de Desarrollo (COCODE), el Comité Municipal del Desarrollo (COMUDE), las asociaciones culturales y las comisiones de trabajo.