[6]​ En el nuevo estado hubo constantes revueltas campesinas y tensión con Guatemala, hasta que las hostilidades estallaron en 1840, y el general conservador mestizo Rafael Carrera recuperó la región para Guatemala.

[8]​ En algunos casos solamente se conserva el nombre en náhuatl, como en el caso del topónimo «Cuyotenango», el cual proviene de las raíces náhuatl «Coyotl», «tenan» y «co» que quieren decir «Muralla del coyote».

Aunque se trata de entidades autónomas, se encuentran sujetos a la legislación nacional y las principales leyes que los rigen desde 1985 son: El gobierno de los municipios está a cargo de un Concejo Municipal[1]​ mientras que el código municipal —ley ordinaria que contiene disposiciones que se aplican a todos los municipios— establece que «el concejo municipal es el órgano colegiado superior de deliberación y de decisión de los asuntos municipales […] y tiene su sede en la circunscripción de la cabecera municipal»; el artículo 33 del mencionado código establece que «[le] corresponde con exclusividad al concejo municipal el ejercicio del gobierno del municipio».

[11]​ El concejo municipal se integra con el alcalde, los síndicos y concejales, electos directamente por sufragio universal y secreto para un período de cuatro años, pudiendo ser reelectos.

Los alcaldes que ha habido en el municipio son: En el siglo xvi, específicamente en 1524, hubo una guerra conocida como «Zapotitlán» en donde los guerreros liderados por Pedro de Alvarado lucharon contra los indígenas k'ichés; este combate tuvo lugar en un lugar llamado Zambo o Yzampoj, y fue el primer sitio en donde se estableció el reino de Quiché.