En el intento de reconciliar las diferentes facciones, los Abencerrajes no son reprimidos, al tiempo que se reparten mercedes y puestos a sus aliados: los Zegríes confirman el gobierno de Ronda y amplían su influencia a Málaga.
En los sucesivos episodios de reposiciones y deposiciones, los zegríes aparecen en el campo contrario a los Abencerrajes, afianzando así su posición, apareciendo como elementos clave en el acceso al trono del efímero Abu ‘Abd Allah Muhammad X el Cojo en 1445.
En 1482, con apoyo abencerraje, Abu 'Abd Allāh Muhammad XII, llamado por los cristianos Boabdil, expulsa a su padre Abū-l-Hasan 'Ali, conocido como Mulay Hasán, o, por los cristianos, Muley Hacén, que se refugia en primera instancia en la Málaga zegrí antes de pasar a Mondújar con su hermano Abu ‘Abd Allah al-Zagal, futuro Muhammad XIII.
El 18 de agosto, Ali Dordux, después de negociar su estatuto como mudéjar, rinde la Alcazaba, pero Gibralfaro tendrá que esperar dos días más hasta que sus defensores se rindieron por el hambre y la sed.
Así, cuando acaba la rebelión, Francisco Fernández el Zegrí está prácticamente arruinado, ya que su papel como Veinticuatro y sus acciones en la represión habían conducido a la quema de sus propiedades rurales.