Batalla de Jaquijahuana
Sin embargo, su gestión no tuvo éxito y fue encarcelado por orden del rey Carlos I de España.Núñez Vela tenía por encargo imponer la autoridad real en desmedro del poder adquirido por los conquistadores.Así, se le encomendó asegurar el cumplimiento de las Leyes Nuevas, promulgadas en 1542 para proteger a la población nativa del Perú.El 28 de octubre, el ejército de Gonzalo Pizarro compuesto por 1200 hombres, entró a Lima; sin embargo, estando en alta mar, Núñez Vela fue liberado y desembarcó en Tumbes, pasando luego a Quito donde reunió un ejército con el que se dirigió al sur para reclamar sus derechos reales como virrey y gobernador de Perú.Finalmente, tras algunas escaramuzas iniciales, la batalla que aseguraría el control del Perú fue inevitable.