[3] Nacido en la Ciudad del Cabo y de padres atletas que vivieron bajo el apartheid,[4][5] Wayde se inició en el deporte desde la primaria.
Ya concentrado en el atletismo, en el año 2010 participó en el campeonato sudafricano en categoría júnior en los 200 m en el que obtuvo el segundo puesto con una marca de 21,15 s. Esto le brindó la oportunidad de asistir al campeonato mundial en categoría júnior que se realizó en Moncton donde se adjudicó el cuarto lugar con un registro de 21,02 s, pese a que era un desconocedor del deporte como posteriormente admitiría.
[12] Asimismo debutó en el campeonato mundial que tuvo lugar en Moscú en el que no logró pasar de la ronda preliminar al cronometrar 46,37 s. El año 2014 Van Niekerk comenzó a hacerse notar en el atletismo mundial.
Inició esa temporada con su primera marca por debajo de los 45 segundos en el campeonato nacional sudafricano, al cronometrar 44,92 s para capturar el primer puesto.
En esa ocasión fue felicitado por Félix Sánchez a quien ha considerado su ídolo en el atletismo.
[19][20] Además, el 14 de julio logró en Lucerna un tiempo de 19,94 s en la final "B" de los 200 m con el que ingresó a un grupo selecto junto a Michael Johnson, LaShawn Merritt e Isaac Makwala que han tenido marcas inferiores a 20 s y 44 s en los 200 m y 400 m respectivamente.
Entre los 250 y 300 m de la carrera el sudafricano había logrado una distancia suficiente para ganar la medalla de oro, un triunfo inédito para alguien colocado en ese carril, con un registro de 43,03 s que batía la marca mundial que por 17 años se había mantenido en poder del estadounidense Michael Johnson.
En efecto, el sudafricano se coló en la final, la cual encabezó hasta los últimos metros cuando el turco Ramil Guliyev le arrebató el primer puesto, por lo que se ubicó en el segundo lugar y apenas por milésimas de segundo de diferencia con el trinitense Jareem Richards (20,106 y 20,107 respectivamente).
El incidente le mantendría alejado del deporte al menos seis meses, pero posteriormente decidió retirarse de las reuniones atléticas en todo el año 2018.