Sin embargo en Salamanca sufrió una intoxicación alimentaria días antes de disputar su prueba, y eso hizo que fuera eliminado en las semifinales.

En esos mismo Campeonato volvió a ganar el oro con su país en los relevos 4 × 400 m, estableciendo otra plusmarca mundial con 2:54,29.

En 1994, sin grandes competiciones por disputar, volvió a reafirmar su dominio en los 400 m, haciendo en Madrid 43,90, el mejor registro del año.

La experiencia resultó un completo éxito, pese a la dureza que supone disputar ocho carreras (eliminatorias, cuartos, semifinales y final de ambas pruebas) en tan pocos días.

Para completar su magnífica actuación, ganó una tercera medalla de oro en los relevos 4 × 400 m, aunque esta vez sin plusmarca (2:57,32).

En ese año un equipo formado por Jerome Young, Antonio Pettigrew, Tyree Washington y el propio Johnson, batió en Nueva York la plusmarca mundial de relevos 4 × 400 m, dejándola en 2:54,20.

En una carrera inolvidable, Michael Johnson consiguió batir la plusmarca de los 400 m que ostentaba su compatriota Butch Reynolds desde 1988 con 43,29.

El año 2000 sería el de su despedida definitiva del atletismo, con 33 años, y lo hizo como casi siempre, a lo grande.