Cuando la nueva bandera fue diseñada, se especificó claramente que los colores no tenían ningún significado o simbolismo.

Sin embargo, en los últimos tiempos se ha establecido un consenso no oficial que ha dotado de un simbolismo aceptado para la bandera y sus colores.

El anterior primer ministro y arquitecto del apartheid, Hendrik Frensch Verwoerd, había soñado izar una bandera "limpia" sobre Sudáfrica en la década de 1960.

Esto lo dijo porque no quería que el tema de la bandera degenerara en una discusión política, como había sucedido en la década de 1920 por la bandera del Reino Unido, y prefería que la cuestión fuera debatida cuando las circunstancias fueran más «normales».

La Prinsenvlag estuvo muy ligada a políticas impuestas por el apartheid, por lo que, hoy en día, la bandera utilizada desde 1928 hasta 1994 resulta ofensiva para muchas personas.

Varios estudios de diseño fueron contratados para sumar más propuestas, pero no tuvieron éxito.

El Parlamento se tomó un receso a fines de 1993 sin un candidato firme para la nueva bandera nacional.

La ley sudafricana establece que la bandera debe ser tratada con "dignidad y respeto" en todo momento.

No puede emplearse para cubrir alguna estatua, placa, etc. en ninguna ceremonia, ni empezar o finalizar cualquier tipo de competición, carrera u otro evento.

Hay varias reglas tradicionales de respeto que deben ser observadas cuando se manipula la bandera.

Tradiciones observadas oficialmente estipulan que la bandera siempre debe ser izada al comienzo de la jornada laboral y arriada antes o durante el ocaso.

Además, siempre que una persona se halle presente en una ceremonia oficial de izar o arriar la bandera, debe pararse respetuosamente y prestar atención durante la duración del acto, con la mano derecha ubicada sobre el corazón a fin de rendir homenaje.

Cuando la bandera es exhibida horizontalmente, el triángulo negro debe estar a la izquierda y la banda roja en la esquina superior derecha.

Se encuentra establecido que cuando la bandera es colgada de manera vertical, no debe ser simplemente rotada 90 grados, sino también invertida.

El estandarte no deberá ser usado como mantel de mesa, para cubrir atriles y podios.

La regla principal es que la bandera nacional del país debe ocupar la posición de honor.

Cuando la bandera se expone junto con otras banderas que no sean nacionales – tales como estandartes corporativos y pancartas publicitarias –, las reglas establecen que en el caso de que las banderas se encuentren en astas separadas, la enseña de Sudáfrica debe situarse, ora en el centro del grupo, ora en el lugar más apartado a la derecha (o sea, la izquierda del observador).

De modo que cuando la bandera es exhibida junto al orador en una galería o cualquier recinto donde se realice una reunión, debe estar situada a la derecha del conferenciante; cuando es expuesta en otro lugar del vestíbulo, debe encontrarse a la derecha de la audiencia.

Como una muestra de respeto a la bandera, ésta nunca debe ser inclinada ante una persona o cosa.

Cuando se ha dado esta indicación, la enseña debe ser izada hasta el tope del mástil y luego bajada lentamente a media asta.

Solamente la bandera de Sudáfrica puede ondear a media asta; los otros estandartes permanecen en su altura normal.