Se puede dar por concluida en 1645, aun así se reforzó con medias lunas exteriores en 1685 y en la primera mitad del siglo XVIII, que reforzaban el sistema defensivo.Además, en los lados situados entre los baluartes de Santiago, Santa María y el Real se levantaron también contraguardias que las rodeaban por los dos frentes, mejorando su capacidad defensiva.En un ambiente crecientemente hostil, Napoleón había ordenado secretamente a D'Armagnac la toma de la ciudadela dentro de una estrategia común que afectaba a otros mandos igualmente en otras plazas fuertes.Cuando estaban cerca sacaron las armas que llevaban escondidas entre las ropas, logrando entrar y tomar la ciudadela.Posteriormente iniciaron un bombardeo el 3 se septiembre, que también caería sobre la ciudad de Pamplona.[10] En 1964 perdió su carácter militar,[11] convirtiéndose en un parque muy frecuentado y con usos culturales en los antiguos edificios castrenses.Tras la entrega a la ciudad del conjunto histórico de la Ciudadela, incluidos los espacios exteriores y con una superficie total de 275.840 m², que se hizo oficialmente el 23 de julio de 1966,[12] se plantearon distintas posibilidades para el destino que debía darse a la misma, para lo que se realizó en 1971 una consulta en distintas zonas de la ciudad, cuyo resultado fue el mantenimiento de la Ciudadela y los terrenos adyacentes, como "zona verde con edificios históricos restaurados", propuesta que fue más valorada que las que proponían dejarla como zona verde exclusivamente, habilitar una pequeña "ciudad medieval" en su interior o destinarla a usos deportivos.La Ciudadela fue un pentágono estrellado de cinco puntas perfecto, aunque a finales del siglo XIX y principios del XX se derribaron parcialmente los baluartes de San Antón y La Victoria (los dos que apuntaban hacia el interior de la ciudad), para permitir la construcción del Primer Ensanche con algunas viviendas y nuevos cuarteles extramuros, así como la avenida del Ejército en 1971, lo que determinó su forma actual.
Plano de la plaza y ciudadela de Pamplona (1757) con el terreno inmediato y el proyecto general de sus fortificaciones y demás obras necesarias para su defensa. La orientación mostrada es más bien de este a oeste