A las 07:52 hora local, la torre de Nairobi autorizó el despegue del «Hessen».

Como escribe el periodista aeronáutico austriaco Patrick Huber en su libro Lufthansa Flight 540: Der erste Jumbo-Absturz,[6]​ «el peso máximo al despegue (MTOW) del “Hessen” aquel día era teóricamente de unos 284.000 kilogramos».

La aeronave continuó descendiendo y aproximadamente a 3.700 pies (1.100 m) del final de la pista, el avión 747 se estrelló en la hierba.A continuación chocó contra una carretera de acceso elevada y se partió.

[6]​[8]​ El accidente fue causado por la tripulación al iniciar un despegue con los flaps del borde de ataque retraídos porque el sistema neumático que los opera no estaba activado.

Sin embargo, ambos miembros de la tripulación declararon ante el tribunal que esas luces eran verdes.

Por ello, todavía hoy se discute si la tripulación, especialmente el ingeniero de vuelo, cometió realmente un error.

[14]​ En 2014, el periodista de investigación y abogado alemán Jens M. Lucke también reveló que British Airways había invitado a Lufthansa a una reunión en Londres cinco meses antes del accidente del «Hessen» y les informó de los problemas con los slats.

[15]​ Y solo dos meses antes del accidente del vuelo 540 de Lufthansa en Nairobi, Lufthansa tuvo un grave incidente: aunque las luces indicadoras de los slats mostraban «verde» (extendidos), en realidad los slats no estaban extendidos.

Sólo se advirtió este hecho antes del despegue porque el capitán de control, muy experimentado, desconfió de los indicadores y echó un vistazo por la ventanilla, como explicó Jens M. Lucke en una entrevista con Patrick Huber.