A fines del siglo XX, cuando los tractores removían la tierra, todavía era común encontrar fragmentos de cerámica negra y restos de fortificaciones y chozas calcinadas.
Se desconoce la denominación original del poblado, tal vez Quintana, que luego recibió el nombre de Villa Fane o Fañe y posteriormente el actual de Villafañe.
Según Álvarez Rodríguez, el actual nombre proviene de Álvar Fáñez, primo hermano del Cid Campeador.
El nombre de Villa Fañe se abrevió luego a Villafañe, que designa tanto a la localidad como al linaje y apellido toponímico de Villafañe.
Don Alonso testò Villafañe en favor de su hermana Juana y sus herederos.