Su genearca es, tal vez, el hidalgo burgalés Álvar Fáñez (Burgos, 1034 - Segovia.
Álvar Fáñez desposó a Mayor Pérez, hija del Conde de Saldaña Don Pedro Ansúrez, fundador de Valladolid, con quien tuvo varios hijos.
A lo largo del tiempo los Villafañe quedarían emparentados con muchos miembros de la nobleza leonesa y castellana.
Lázaro emigró a Indias en 1610, estableciéndose en la ciudad de La Rioja en la actual República Argentina.
También en Puerto Rico hay Villafañes al poco tiempo del descubrimiento de América.