Nació en el seno de una familia de la burguesía marsellesa; su padre fue un próspero comerciante, y desde su adolescencia se inició en el mundo mercantil, siendo su especialidad el comercio ultramarino que era muy activo en su natal Marsella.
Paulatinamente las nuevas autoridades coloniales, ya dotadas de experiencia administrativa, se hartaron del republicanismo jacobino de Hugues (al cual este, en el fondo, seguía adherido) y los refugiados blancos en Francia abogaban por su caída.
Las intrigas del Directorio causaron que Hugues fuera cesado en noviembre de 1798.
Ya en la metrópoli fue arrestado y sus viejos enemigos le acusaron de traición e ineptitud.
Rehabilitado tras la caída de Napoleón, Hugues volvió a la Guyana Francesa en 1817, vivendo allí con su esposa y cuatro hijas como terrateniente en sus últimos años.