Los antecedentes más antiguos de este ferrocarril se remontan a las concesiones que otorgó el gobierno del presidente Porfirio Díaz para la construcción del Ferrocarril Central Mexicano, que tenía un capital mixto: estadounidense y mexicano.

La concesión base permitía construir una línea entre la Ciudad de México y Ciudad Juárez, inaugurada en 1884, a la cual se le agregó un ramal en 1888 al Océano Pacífico pasando por las ciudades de Guadalajara y Querétaro.

Esta primera operación se logra al expropiar y fusionar las compañías Central, el Nacional y el Internacional, junto con otras compañías menores con lo cual, se logran 11,117 kilómetros de vías férreas nacionalizadas.

El 14 de julio, la SCT anunció que la licitación del proyecto se lanzaría a más tardar ese mismo año.

[8]​ Canadian Pacific Kansas City (CKPC) dijo que a finales de mayo de 2024 presentará un nuevo estudio para la ruta en México-Querétaro, que presenta una evidente demanda diaria.

Muchas locomotoras que se compraron nunca funcionaron en el servicio de ingresos.

Después de la privatización en 1997, Transportación Ferroviaria Mexicana (TFM) desmanteló la electrificación.