En 1642 inició un noviazgo con un pariente suyo, que ella misma rompería al año siguiente.
Durante este período, Sor Úrsula Micaela vivió la noche oscura, etapa de crisis espiritual entre los místicos.
Las dificultades fueron diversas, y la fundación no se llevó a cabo hasta 1672.
La primera residencia fue provisional, en una casa que carecía de las condiciones apropiadas para la vida comunitaria.
Sin embargo las monjas contemporáneas dejaron testimonios y escritos referentes a esta última etapa de su vida.
El cuerpo permaneció incorrupto, caliente y flexible en todo momento, por lo que no se le dio sepultura.
Así se ha conservado hasta la actualidad, permaneciendo todavía incorrupto y flexible.
Sin embargo se salvaron la Autobiografía, 24 cartas, y algunos otros testimonios relativos a la Sierva de Dios.