El Industrial comenzó su andadura futbolística en la Tercera División, en una época en la que la categoría tenía carácter interprovincial.
La mejor clasificación durante estos años fue el tercer puesto obtenido en la temporada 1977-78, que dio opción a jugar la Copa del Rey al año siguiente.
Sin embargo, la permanencia en Preferente fue breve y el equipo consiguió retornar a Tercera para la temporada 2003-04, descendiendo de nuevo en 2007.
El cuadro "fabril" recupera de nuevo la Tercera División tras una campaña en categoría regional, manteniéndose durante ocho temporadas consecutivas.
Tras acabar en posiciones de descenso, el Indus regresa a la primera categoría autonómica al bajar en la 2015-16.