El topónimo medieval persa «Turquestán» y sus derivados no fueron utilizados por la población local de la región más grande, y China tenía su propio nombre para un área superpuesta desde la dinastía Han como Xiyu, con las partes controladas por China llamadas Sinkiang (Xinjiang) desde el siglo XVIII en adelante.
A partir del siglo XX, los separatistas uigures y sus partidarios utilizaron el Turquestán Oriental (o «Uigurestán») como una denominación para todo Sinkiang, o para un futuro estado independiente en la actual Región Autónoma Uigur de Sinkiang (presumiblemente con Urumchi como su capital).
En China, el término tiene connotaciones negativas debido a sus orígenes en el colonialismo europeo y al uso actual de los grupos militantes.
La dinastía Qing se alió con el gobernante musulmán Emin Khoja, destruyó el kanato de Zungaria, que dominó el Turquestán Oriental.
[6] Los que proponen el término «Turquestán Oriental» argumentan que el nombre Sinkiang (en chino, 新疆; pinyin, Xīnjiāng; Wade-Giles, Hsin1-chiang1) es arrogante, porque si los caracteres chinos se interpretan de manera literal y no como un nombre propio, entonces Sinkiang significa «Nuevo territorio».
[19] Las misiones diplomáticas chinas han objetado a aquellos extranjeros que utilizan el término «Turquestán Oriental».
Las definiciones históricas de «Turquestán Oriental» son variadas y ambiguas, indicando que más allá de la administración China, la zona que hoy se denomina «Sinkiang» no era una región única ni en sus aspectos geográficos como tampoco históricos.