El kanato fue predominantemente uigur, que vivía en los núcleos de Jotán, Yarkand, Kasgar, Yangihissar, Aksu, Uchturpan, Kucha, Karashar, Turpan y Kumul.
En la primera mitad del siglo XIV el Kanato de Chagatai colapsó y se desintegró.
Su parte oriental alrededor del valle del río Ilí se convertiría en el Kanato de Mogolistán, bajo el descendiente de Chagatai Tughluk Timur Kan en 1347, con capital en Almalik.
En 1514 el sultán Said Kan, descendiente de Tughluk Timur Khan, derrocó a Mirza Abu Bakr Dughlat acabando con su emirato en Yarkand y su predominio sobre Kasgaria que databa desde la cesión de la región por el propio Chagatai en 1220.
Yarkand pasaría a ser el principal foco del oriente chagatáyida.