Conquista zúngara de Altishahr
El Dzungar Khanate conquistó entonces la cuenca del Tarim en 1680, estableciendo al Khoja Afaqi como su gobernante títere.
[3] El Dalai Lama pidió entonces al líder dzungar Galdan que restaurara a Khoja Afaq como gobernante de Kashgaria.
[10] El 5º Dalai Lama recibió del Dzungar Khan Galdan un botín de guerra incautado a los musulmanes.
El Dzungar Khan Galdan lanzó su invasión de la cuenca del Tarim en 1680.
El ejército dzungar Oirat y sus aliados de la secta de la Montaña Blanca conquistaron entonces fácilmente el Tarim, derrotando y matando al príncipe chagatai Bābak Sultān, hijo del líder chagatai Ismā'il Khan.
[14] El regio chagatai ʿAbdu r-Rashīd Khan II fue nombrado gobernante títere por Galdan, sin embargo, Āfāq Khoja pronto causó problemas y las luchas entre Āfāq y ʿAbdu r-Rashīd llevaron al segundo exilio de Āfāq y ʿAbdu r-Rashīd también se vio obligado a exiliarse en Ili después de que en Yarkand se produjera un estallido de violencia en 1682, y fue sustituido por Muhammad Amin Khan que era su hermano menor.
Muhammad Mu'min (Akbash Khan), otro hermano menor de ʿAbdu r-Rashīd, fue nombrado Khan en 1696, sin embargo, los kashghar begs y los kirguises organizaron una revuelta y apresaron a Muhammad Mu'min durante un asalto a Yarkand, entonces los Dzungars fueron solicitados para intervenir por los begs de Yarkand, lo que resultó en que los Dzungars derrotaran a los kirguises y pusieran un fin total al gobierno Chagatai instalando a Mirzā 'Ālim Shāh Beg como gobernante en Yarkand.
Los dzungares utilizaron un sistema de rehenes para gobernar la cuenca del Tarim, manteniendo como rehenes en Ili a los hijos de los líderes, como los khojas y los khanes, o a los propios líderes.
En el reinado de Galdan Tseren, los dzungares cobraban anualmente un impuesto de 67 000 tangas de plata al pueblo de Kashgar, un impuesto del cinco por ciento a los comerciantes extranjeros y del diez por ciento a los mercaderes musulmanes, la gente tenía que pagar un impuesto sobre la fruta si poseía huertos y los mercaderes tenían que pagar un impuesto sobre el cobre y la plata.
En cada temporada de cosecha, los dzungares debían proporcionarles mujeres y alimentos cuando venían a cobrarles los impuestos.
Los uigures llevaron a cabo actos de resistencia, como esconder los bienes que se recaudaban en concepto de impuestos o resistirse violentamente a los recaudadores de impuestos Dzungar Oirat, pero estos incidentes fueron poco frecuentes y la oposición generalizada contra Dzungar no llegó a materializarse.
[25] El líder uigur Emin Khoja (Amīn Khoja) de Turfan se sublevó contra los dzungares en 1720 mientras los dzungares bajo el mando de Tsewang Rabtan eran atacados por los Qing, y luego también desertó y se sometió a los Qing.
[26] Los Uch-Turfan Uighur Beg Khojis (Huojisi) apoyaron al general Qing Ban-di contra para engañar a Davachi y hacerlo prisionero.
