A la edad de 7 años, Galdan fue enviado a Lhasa para ser educado como lama con Ngawang Lobsang Gyats, el quinto dálai lama en el monasterio de Tashilhunpo.
Los zúngaros mantuvieron el control de la cuenca del Tarim hasta 1757.
[6] Luego invadió el norte de la Montaña Tengeri en la moderna Kazajistán al año siguiente; derrotó a los kazajos de Tiavka Kan pero no logró tomar Sayram.
Tushiyetu Kan atacó el ala derecha de los jaljas y mató a Shira en 1687.
Galdan envió tropas bajo el mando de su hermano menor Dorji-jav contra Tüsheet Kan al año siguiente, pero finalmente fueron derrotados y Dorji-jav murió en la batalla subsiguiente.
La corte Qing intervino y llamó a todos los nobles mongoles para celebrar una conferencia.
Galdan estableció una relación amistosa con los rusos que estaban en guerra con Tüsheet Kan por los territorios cercanos al lago Baikal en el norte de Khalkha.
En 1688, después de dos sangrientas batallas con los zúngaros en la actual Mongolia central, en el monasterio de Erdene Zuu y Tomor, Tüsheet Kan y su hijo Galdandorji huyeron al río Ongi.
Desafortunadamente para Galdan, el emperador Kangxi era inusualmente vigoroso y belicoso.
Mientras luchaba en Mongolia Oriental, su sobrino Tsewang Rabtan tomó el trono de Zungaria en 1689.
Después de una serie de exitosas batallas en las montañas Jangái, en el lago Olgoi y el río Ulahui, se acercó a la Gran Muralla China.
En 1696 Galdan estaba en la parte alta del río Kerulen al este de la moderna Ulan Bator.
Reunió a unos pocos miles de seguidores que más tarde desertaron debido al hambre.
Un hijo y una hija de Galdan permanecieron en la casa de Tsewang Rabtan junto con un lama buscado por el emperador Kangxi por deserción y por ayudar a Galdan.