Ya desde sus primeros tiempos contaba con una gran cantidad de templos, hasta 1000 monjes residentes y acogía unos 300 gers (mongol: гэр, nombre que los mongoles dan a las yurtas), pues los monjes vivían en los situados en el interior del monasterio o alrededor de sus muros.[12] Sufrió daños durante las invasiones manchúes en la década de 1680[13] aunque en años anteriores la presión china había llevado a un cierto abandono como ya le ocurrió en el pasado a la antigua capital mongola y base del monasterio, Karakórum, pero se sucedieron varios proyectos de reconstrucción: el primero a cargo de Zanabazar en persona tras su regreso en 1701 que sirvió además para consagrar de nuevo los templos,[13] otro que dio comienzo en torno al año 1760 y terminó en 1796 y uno más, a cargo del arquitecto mongol Manzushir, empezó en 1806 y terminó en 1814.Un investigador aseguró que dichas presiones estaban relacionadas con la corta visita de la delegación del vicepresidente estadounidense Henry A. Wallace a Mongolia en 1944.Erdene Zuu solo pudo continuar existiendo como museo debido a que el único monasterio con permiso oficial para seguir en activo en Mongolia era el Monasterio de Gandantegchinlen en Ulán Bator, y aún después de la transformación de sus funciones solo llegó a abrirse con esta finalidad en 1965, casi veinte años después.Hoy en día sigue siendo un monasterio budista en activo además de ser un museo abierto a los turistas.El templo Laviran, el único usado aún para servicios religiosos y que aún funciona como monasterio al albergar a una pequeña comunidad de monjes,[13] es un buen ejemplo de esta evolución.El templo situado al oeste, construido por Abtai Kan y su hijo, está dedicado a Buda adulto.Este último es uno de los bodhisattvas más populares, una deidad que retrasa su propia obtención del nirvana para guiar a otros.[19] La entrada está flanqueada por los dioses Tsagaan Mahagal (del sánscrito Sita Mahākāla, Mahakala blanco), a la izquierda, y Baldan Lkham (del tibetano Palden Lhamo, sánscrito: Shri Devi; nombre traducido mongol Ukin tengri) a la derecha.del mongol Оточ Манла, sánscrito: Bhaiṣajyaguru), buda de la medicina, a la derecha y Amindavaa (transl.del mongol cirílico Аминдаваа, adaptación del sánscrito Amitābha; nombre traducido al mongol: ᠴᠠᠭᠯᠠᠰᠢ ᠦᠭᠡᠢ ᠭᠡᠷᠡᠯᠲᠦ, Tsaglasi ügei gereltu), buda de la luz infinita y la justicia, a la izquierda.[12] En el templo del este se exhibe una estatua que representa al Buda adolescente.[12] Cerca ya de la esquina noroeste se alza un gran templo blanco de estilo tibetano, el Lavrin Sum o Labran Sum (Templo Laviran), construido entre 1759 y 1770, donde se llevan a cabo ceremonias cada mañana, aproximadamente a las 11.
