En 1795 Francia ocupó los Países Bajos, fundando la República Bátava como estado satélite francés; España y Prusia firmaron la Paz de Basilea, por la que abandonaban la Primera Coalición, y al año siguiente España acordó con Francia el tratado de San Ildefonso, por el cual ambos países se comprometían a mantener una política militar conjunta contra terceros.
Pío VI se negó a ello, y en respuesta Bonaparte marchó con su ejército hacia Roma.
A Berthier le sucedería André Masséna, bajo cuyo mando la ciudad sería saqueada.
Las tres legaciones pontificias de Ferrara, Bolonia y Rávena fueron anexionadas a la recién creada república Cisalpina.
Los 5 millones en diamantes, cedidos por el Directorio a Napoleón, serían utilizados por éste en la conquista de Malta.