A partir de entonces, el conflicto continuó, sobre todo por mar, con flotas castellanas y portuguesas luchando entre ellas y compitiendo por traer riquezas desde las lejanas tierras de Guinea.[2] Si bien inicialmente el Papado tomó una posición neutral entre Portugal y Castilla en cuanto a sus derechos sobre África por la bula Rex regum de Eugenio IV (1443).[c] El rey de Portugal adoptó una política comercial abierta, permitiendo a súbditos extranjeros comerciar en las costas africanas a cambio de los correspondientes impuestos.Cuatro días después fue ratificado por el rey de Portugal y proclamado en ese reino.El quinto o quinto del rey era un impuesto percibido por la Corona sobre las mercancías traídas por barco a la Península desde los territorios del Atlántico denominados «Guinea» y «Mina de Oro».Al morir Alfonso a los pocos meses, Isabel contrajo matrimonio en 1497 con el nuevo heredero al trono portugués, Manuel I de Portugal apodado «el Afortunado».Los que consiguieron licencias del rey de Portugal pudieron seguir comerciando en Guinea sin problemas.Pero no todos las obtuvieron, por lo que a partir de 1480 se documentaron numerosas expediciones ilegales y casos de piratería, a la que se vieron abocados muchos marinos para sobrevivir.[12] El historiador Juan Manzano consideró falaz la interpretación del Tratado de Alcazobas según un paralelo porque el tratado solo se refería a lo que él llama "mar de África", es decir, la parte del mar Océano entonces navegada y ocupada por Portugal y Castilla, adyacente al continente africano.Según Giménez, el motivo por el que los reyes Isabel y Fernando tardaron tanto tiempo en autorizar la expedición de Colón fue por esa inseguridad jurídica, no por motivos náuticos ni por ignorancia.[10] En una interpretación más heterodoxa, Luisa Isabel Álvarez de Toledo sostuvo que el Tratado de Alcazobas incluyó explícitamente territorios americanos: Guinea sería el territorio hoy conocido como las Guayanas, mientras que las islas de Canaria incluirían islas y costas del mar Caribe.Isabel y Fernando serían, según ella, bien conscientes de que las tierras que Colón quería descubrir pertenecían por derecho a Portugal y habrían enviado a Colón solo tras asegurarse de que su aliado Rodrigo Borgia accedía al papado como Alejandro VI, de tal manera que las justificadas protestas de Portugal pudieran ser contrarrestadas por una nueva bula papal, favorable esta vez a Castilla.Isabel y Fernando obtuvieron a lo largo de 1493 una serie de bulas papales, llamadas hoy día bulas alejandrinas, que les otorgaban las tierras descubiertas por Colón y venían a establecer un nuevo reparto del Atlántico que dejaba obsoleto al Tratado de Alcazobas.