Durante el periodo de conquistas españolas en América, el nuevo Imperio estableció divisiones coloniales sobre las nuevas posesiones que fueron cambiando de acuerdo a circunstancias históricas en los siglos siguientes.
Muchos salieron, pero un gran número solicitó permiso para residir bajo las condiciones que planteara España.
La segregación no implicaba la no pertenencia a la Capitanía General de Guatemala, sino un mecanismo que le permitiera a España, defender y asegurar su pertenencia territorial de la amenaza británica.
La anulación del Tratado por parte de Nicaragua fue considerado por Colombia como un acto unilateral y por ende violatorio a la legislación internacional.
A estas declaraciones, Colombia hizo las siguientes objeciones:[2] Antes de la consolidación de Nicaragua como Estado en 1838, Colombia ya ejercía soberanía sobre el Archipiélago, por lo tanto, Nicaragua nunca ha ejercido soberanía sobre el mismo.
Se advierte además que con la anulación del Tratado, Colombia podría incluso reclamar la Costa de Mosquitos, o sea, la costa nicaragüense del Caribe que fue cedida por Colombia en el mismo Tratado, pero también podría reclamar mucho más territorio que la Costa de Mosquitos.
Otros documentos testimonian la soberanía colombiana sobre el Archipiélago como el uti possidetis iure de 1810 en el cual el Pacificador Pablo Morillo aplica el bloqueo contra todos los puertos colombianos y entre ellos incluye a San Andrés como a la Costa de Mosquitos.
Por su parte, el Libertador Simón Bolívar expulsó en 1818 a Luis Aury del Archipiélago que lo había ocupado a nombre de las Provincias Unidas del Río de la Plata y Chile.
En 2003 Colombia presenta a la CIJ las objeciones preliminares en las cuales confirma la validez del Tratado de 1928 y todos los demás títulos que garantizan judicialmente su soberanía sobre el Archipiélago y sobre los límites hasta el meridiano 82 de Greenwich.
Por tanto, concluyó que no podía aceptar la excepción preliminar sobre esta cuestión (la Corte es competente).