Este certamen inauguró la nueva etapa de torneos Apertura y Clausura jugados en fases sucesivas por todos los equipos, que finalizaron en la temporada 2006-07.
Se incorporaron Argentinos Juniors y Belgrano (descendidos de Primera División); Deportivo Español (campeón de la Primera B Metropolitana) y la CAI (campeón del Torneo Argentino A).
El primer ascenso fue para Atlético de Rafaela, que se coronó tanto en el Torneo Apertura como en el Clausura.
En cambio, si los ganadores del Apertura y el Clausura fueran dos equipos distintos disputarían una final a dos partidos para determinarlo.
La disputaron entre los que ocuparon el decimoséptimo (Talleres (C)) y el decimoctavo (Nueva Chicago) del promedio del descenso de Primera División y Argentinos Juniors, perdedor del segundo ascenso, y San Martín (Mendoza), que obtuvo el cuarto puesto de la tabla general de la Primera B Nacional.