En este torneo, el Atlas, vigente subcampeón, alcanzó el liderato general con 38 puntos por primera vez desde que fuera campeón en la temporada 1950-51.

Con esto, junto con Toluca, los finalistas del torneo anterior eran nuevamente los favoritos al título, mientras que el Cruz Azul y el propio América habían conformado planteles de época en busca de pelear hasta las instacias finales.

La situación inició en la etapa final de la temporada 1998-99 y se extendió hasta entrado el Verano 2000.

Si al finalizar las 17 jornadas del torneo, dos o más clubes estuviesen empatados en puntos, su posición en la Tabla General será determinada atendiendo a los siguientes criterios de desempate: Califican a la liguilla los 2 primeros lugares de cada grupo; si hubiera 1 o 2 clubes (no ubicados en esos dos primeros puestos) de un sector, con mejor desempeño estadístico que algún líder o sublíder de otro grupo, estos se medirán en la fase de reclasificación o repechaje en duelos a eliminación directa.

En cuanto a la final, un empate global luego del juego de vuelta, será dirimido con dos tiempos extras de 15 minutos cada uno, contando con la posibilidad del Gol de oro, y posteriormente Tiros desde el punto penal, hasta que se produjera un ganador.