Una vez retirado, se unió a las fuerzas básicas de Cruz Azul, llegando a dirigir las categorías Sub-17 y Sub-20, así como al Cruz Azul Hidalgo, equipo filial que se encontraba en la Liga de Ascenso.

[12]​ En dicha instancia, Moreno anotaría sus últimos dos goles con el equipo ante Atlante y el Deportivo Italchacao venezolano, donde finalmente conseguían su boleto en busca del sueño libertador.

[13]​ Reforzados con Sergio Almaguer y José Saturnino Cardozo, los celestes alcanzaban la final del torneo frente al Boca Juniors de Argentina.

[14]​[15]​ Luego de realizar un espectacular e histórico torneo, donde Moreno disputaría seis encuentros, los dirigidos por José Luis Trejo forzaban los penales en la mítica Bombonera, sin embargo, el equipo no logró soportar la presión y terminaría perdiendo 3-1 desde los once pasos, siendo este el último torneo de Joaquín con el Cruz Azul.

En el 2009 recibió su primera oportunidad como técnico con la Sub-17, donde dirigió 68 partidos con un balance de 27 victorias, 18 empates y 23 derrotas, llegando a dos semifinales.

[22]​ En un partido lleno de polémica arbitral, Fernando Belluschi erraba un penal que pudo significar el primero para Cruz Azul.

Más tarde, Ariel Rojas se iba justamente expulsado y, con 10 hombres, Matías Vuoso firmó el empate para la máquina.

[29]​[30]​ Se mantuvo como entrenador adjunto del equipo con la llegada del portugués Pedro Caixinha, y tras la destitución de este, tuvo un tercer interinato en 2019 para un amistoso ante Atlas en Estados Unidos, previo a la llegada de Robert Siboldi al banquillo.

[31]​ No obstante, llevaba al club a la final de la temporada 2020-21, perdiendo el título ante el Irapuato con 3-1 en el marcador global.