El sistema se organizó en las primeras horas del 29 de mayo, impactando en Guatemala, El Salvador , Honduras, Nicaragua y México convirtiéndose en depresión tropical y se disipó al día siguiente, con vientos que alcanzaron los 75 km/h y una presión mínima de 1000 hPa.

[1]​ En ese momento, se registraba una vaguada en la región, que se extendía hacia el Suroeste del mar Caribe, asociada a la zona de convergencia intertropical (ZCIT).

[2]​ El sistema derivó hacia el Noroeste y las condiciones favorecieron un desarrollo posterior.

En México, los meteorólogos predijeron que Agatha produciría hasta 100 mm de lluvia en los estados del Sur.

La excesiva lluvia causada por Agatha empeoró la situación y disparó numerosos lahares.

[16]​ Varios deslizamientos bloquearon carreteras en el Sur del país, impidiendo el tránsito.

Las autoridades declararon el estado de emergencia durante la tarde del día 29, ya que las condiciones parecían empeorar.

Ya que hubo una gran cantidad de inundaciones mientras el ciclón atravesaba el país.

En el departamento de Estelí, la Fuerza Aérea nicaragüense rescató a unas 24 personas atrapadas en sus hogares inundados.

[32]​ En total, once personas resultaron muertas en el país, dos desaparecidas y más de diez mil evacuados.

También fue declarada una alerta amarilla, al preverse inundaciones de importancia en todo el estado.