En lo general, la percepción del gobierno hacia el movimiento estudiantil era sumamente negativa, afirmando que «se había violado francamente la autonomía universitaria», se excitaba «al pueblo a rebelarse contra el gobierno», entre otras posturas en contra del movimiento.
[1] Carlos Monsiváis reporta la justificación oficial de la ocupación:[2] En contraparte, el movimiento era considerado por ciertos intelectuales como "una amplia y viril campaña política en defensa de los derechos y libertades democráticas de todo el pueblo mexicano",[3]: 307 afirmación desplegada en público y firmada por Arturo Warman (en ese entonces catedrático en la Universidad Iberoamericana), el escritor Ermilo Abreu Gómez, el antropólogo Guillermo Bonfil Batalla el historiador Arturo Azuela, la arqueóloga Eulalia Guzmán la artista Fany Rabel el economista José Luis Ceceña, y los escritores Carlos Monsiváis y José Revueltas[4] Las manifestaciones anteriores, el 13 y 27 de agosto, ya habían "encendido el entusiasmo de espectadores hasta entonces indiferentes (...) Hasta ese día ninguna demostración antigubernamental en la historia de México había levantado tanta ámpula.
[11] En la ocupación, se detuvieron a estudiantes, maestros y padres de familia, así como a personal administrativo de la universidad, que se encontraban en distintos puntos del campus.
[1] Posteriormente, elementos del ejército se dedicaron a izar por completo la bandera de México, que se encontraba a media asta desde el 29 de julio.
[11] Al día siguiente, 19 de septiembre, el diputado Luis M. Farías busca justificar la ocupación mencionando que fue una medida tomada como respuesta a la incapacidad de la universidad de «restablecer el orden» y que debería agradecer la medida adoptada por el gobierno federal.