Para él la investigación etnológica estaba indisolublemente ligada a la transformación de la realidad social.
En la mayoría de los casos no se produjo aislamiento ni autonomía, sino sujeción vicarial, que conduce a la expansión de la sociedad dominante que acosa a las comunidades indígenas, devora su territorio y lleva a la quiebra y desaparición de más pueblos indígenas.
[cita requerida] Por lo tanto, consideró que la categoría de indígena es supraétnica y no denota ningún contenido específico de los grupos determinados que abarca, sino una particular relación, entre ellos y otros sectores del sistema social global, del que los indios forman parte.
El control cultural, por eso, no es absoluto ni abstracto, sino histórico.
[cita requerida] En su obra cumbre México profundo, una civilización negada, señaló la permanencia de una civilización que el colonialismo quiso dar por erradicada y sostuvo que existen simbólicamente dos Méxicos: uno "profundo", que hunde sus raíces en una milenaria civilización, que le ha dado un rostro propio y un corazón verdadero al pueblo, de una manera definitiva e imborrable, y otro "imaginario".
[cita requerida] La presencia de las culturas indígenas es, en algunos aspectos, tan cotidiana y omnipresente que rara vez se repara en su significado profundo y en el largo proceso histórico que hizo posible su presencia en sectores sociales que asumen hoy una identidad no india.
En el fondo de su ser, los mexicanos (y los latinoamericanos) son indígenas; la sociedad mestiza tiene que reconocerse a sí misma como indígena, en lo filosófico, en lo ontológico y fundamentalmente en lo espiritual.
Según Bonfil, el papel de los pueblos indígenas en el escenario mexicano (y latinoamericano) es definitivo, y serán parte importante en la conformación de una nueva sociedad.