Este hecho dejó al descubierto las debilidades de las defensas españolas en el Mar Caribe.
Debido a su posición, una vez tomada la fortaleza la guarnición de la ciudad tendría que rendirse.
La fuerza española, encabezada por el gobernador Prado y el almirante Hevia, fue sorprendida por el tamaño de la tropa atacante y adoptó tardíamente una actitud defensiva con la esperanza que refuerzos, un huracán o la fiebre amarilla destruyeran al enemigo.
La mayoría de sus municiones y pólvora, así como sus mejores armas, fueron transferidas a esas dos fortalezas.
Conscientes de la importancia del Morro, los comandantes españoles le dieron máxima prioridad.
Al final del día, la infantería británica había llegado a los alrededores de La Habana.
La defensa del Morro fue asignada a Velasco e Isla, un oficial naval, que inmediatamente tomó medidas para preparar y proveer la fortaleza para un asedio.
Sorprendentemente, esta colina había sido dejada sin defensa por el ejército español a pesar de su conocida importancia estratégica.
Planeaba cavar hacia un bastión del Morro y una vez que sus obras de asedio hubieran llegado a la zanja crear una pista a través de esta zanja con los escombros producidos por sus actividades mineras.
El 22 de junio, cuatro baterías británicas que totalizaban 12 cañones pesados y 38 morteros abrieron fuego contra el Morro desde La Cabaña.
Mackellar avanzó gradualmente sus parapetos hacia la zanja bajo la cubierta de estas baterías.
El 29 de junio, las baterías británicas habían aumentado sus impactos directos diarios en el Morro a 500.
Velasco finalmente logró convencer a Prado de una incursión contra las baterías británicas.
Velasco capitalizó inmediatamente este acontecimiento, remontando muchas armas y reparando las brechas en las fortificaciones del Morro.
Mientras tanto, la artillería británica golpeaba diariamente, ahora sin oposición, el Morro hasta seiscientas veces, causando unas sesenta bajas.
La salida no tuvo éxito y las obras de asedio quedaron relativamente intactas.
Durante su viaje, habían sido atacados por los franceses, que capturaron a unos quinientos hombres.
A las 13 horas, los británicos detonaron el túnel, los escombros llenaron parcialmente la zanja y Albermarle la juzgó pasable.
Además, dos nuevos buques de línea casi terminados fueron incautados en los astilleros: San Carlos (80) y Santiago (60 u 80).
Poco después del asedio el HMS Stirling Castle fue declarado inutilizable, siendo despojado y hundido.