[2] En los años 1560, durante la colonización española, el procurador andaluz, Diego Alemán, organizó una expedición que partió desde la ciudad de La Paz hacia las tierras amazónicas al norte.Fue así que fue el primer español en llegar al río Amarumayo (hoy río Madre de Dios), pasando por el territorio que luego sería el Territorio Nacional de Colonias.[7]Estas regiones, eran habitadas principalmente por poblaciones indígenas, amazónicas orientales y no habían sido objeto de una exploración significativa en el sentido de adentramiento a la extensa Amazonía, lo cual no logró un asentamiento o desarrollo urbano; el interés económico de la región amazónica era bajo a comparación con otras regiones en el periodo colonial.[3]El territorio estuvo bajo dependencia directa del Ministerio de Colonias, y su mayor autoridad era el Delegado.[15] Su límite al norte era en el punto de origen del río Yavarí, que formaba la frontera tripartita entre Bolivia, Perú y Brasil.
Mapa donde se muestra las negociaciones entre Perú y Bolivia y Bolivia y Brasil por el territorio del Acre.
