Posteriormente fue construido contiguo al templo un hospicio que luego llegaría a ser convento franciscano y del que actualmente solo sobrevive su antiguo portón de acceso coronado por el escudo de la orden.Su cuerpo permaneció en la capilla hasta su exhumación en 1823 en que fueron trasladados a la Ciudad de México.En agosto de 1865 fue nacionalizado de acuerdo a las Leyes de Reforma durante la estancia del presidente Benito Juárez en Chihuahua y su antiguo convento enajenado a particulares y que concluyó con su destrucción, aunque el templo continuó destinado al culto público.En 1891 por la bula Illud in primis del papa León XIII fue creada la Diócesis de Chihuahua y su antiguo templo parroquial dedicado a San Francisco fue elevado a categoría de Catedral y el título de la Santa Cruz, debido a ello al hasta entonces templo de San José le fue modificada su advocación, siendo dedicado a San Francisco de Asís, como hasta la actualidad.Al extremo izquierdo se encuentra el portón de acceso del antiguo convento, ornamentado por el Escudo Franciscano labarado en cantera.
Monumento a Miguel Hidalgo en el atrio del templo.
