Hay registros que en el año 1168, un sacerdote sintoísta, Saeki Kagehiro, había reconstruido y ampliado los edificios, a su configuración actual.
Taira consideraba que sus éxitos políticos y militares se debía a la influencia de los kami de Itsukushima y ahí rendía culto en todas las ocasiones importantes.
Los edificios principales del santuario fueron destruidos por un incendio en 1207, durante el período Kamakura (1185-1333).
Fueron reconstruidos ocho años después, para sufrir una nueva destrucción por el fuego en 1223.
Nuevamente fueron reconstruidos en 1241 y son de esta fecha las edificaciones que encontramos, actualmente, en el templo.
También fueron añadidos nuevos edificios: el Gojûnotô (la pagoda de los cinco niveles) en 1407, el Tahôtô (la pagoda de los dos niveles) en 1523 y varios Honden (edificios con altares a diversos kamis).
Se construyó un templo budista cerca de la cumbre del monte Misen, que también atraía a muchos peregrinos.
Dentro de este espacio existen varios edificios (honsha) con funciones rituales específicas.
Existe aún un segundo conjunto de santuarios llamado el Sessha Marodo-jinja.
[6] Existen muchos santuarios sintoístas en Japón pero el santuario Itsukushima es universalmente reconocido como uno de los más bellos y bien conservados, constituye el mejor ejemplo de arquitectura tradicional y valiosa técnica artística, integrado en un paisaje natural extraordinario.
La parte del piso de madera sin techo alrededor se llama " escenario plano ".
El lado más marino del escenario plano sobresale como un muelle, y esta parte se llama "punta de fuego ardiente" (Hitasaki).
Se construye un gran torii en el mar en la extensión del "destino de fuego ardiente" .
Aunque el santuario está ubicado en la costa norte de la isla en el Mar Interior de Seto, donde las olas son tranquilas, a menudo los tifones lo dañan porque se encuentra en la zona del mar.
La reconstrucción en este momento no se debió a un incendio, y en 1569 hubo un incidente en el que los hermanos Wachi de la familia Bigo, que estaban en conflicto con Motonari Motonari , fueron asesinados en el santuario principal.
[1] La arquitectura sintoísta tiene muchas partes distintas, la mayoría de las cuales incluyen el honden (sala principal) del santuario y el inusualmente largo haiden (oratorio principal), y su igualmente largo heiden (sala de ofrendas).
[2] Las representaciones teatrales de noh se han utilizado durante mucho tiempo para rendir homenaje a los dioses mediante la representación ritual de acontecimientos clave del mito sintoísta.
[1] Entre sus tesoros se encuentra la célebre Heike Nōkyō, o "Sutras dedicados por el Casa de Taira."
Debido a que la propia isla ha sido considerada sagrada, a los plebeyos no se les permitía poner el pie en ella durante gran parte de su historia para mantener su pureza.
Conservar la pureza del santuario es tan importante que desde 1878 no se permiten muertes ni nacimientos cerca de él.
[18] La puerta de entrada roja, o torii, se construyó sobre el agua por una razón muy parecida.
Los plebeyos tenían que conducir sus barcos a través del torii antes de acercarse al santuario.