Se le conoce sobre todo por la excavación del yacimiento minoico de Akrotiri (Santorini) que dirigió entre 1967 y 1974.
[9] En 1925 se doctoró con una tesis supervisada por el arqueólogo Georgios Oikonomos sobre la representación de animales marinos en el arte minoico.
[11] Marinatos y Evans discutieron en 1928-1929, cuando el primero se enfrentó a Evans por una excavación de prueba que el segundo había iniciado en Cnosos sin permiso, pero Marinatos se convirtió en su amigo y defensor intelectual durante mucho tiempo.
[21] Comenzó su carrera en 1929, en Creta, como director del Museo Arqueológico de Heraclión, donde conoció a Sir Arthur Evans.
En la isla, dirigió varias excavaciones en Amnisos, Dreros, Arkalojori, Vatípetro y Gazi, realizando importantes hallazgos.
[25] En 1931 también procesó con éxito a Nikolaos Pollakis, un sacerdote cretense, por comercio ilegal de antigüedades.
También excavó en las Termópilas y Maratón, en busca de establecer los sitios precisos en los que las famosas batallas homónimas habían ocurrido.
[30] Su artículo más importante, en cuanto a su influencia, fue «La destrucción volcánica de la Creta minoica» (Antiquity, 1939).
[32] Su nombre se menciona en el videojuego Indiana Jones and the Fate of Atlantis, el cual incorpora una etapa dedicada a Thera.