Permaneció en categorías regionales hasta lograr su primer ascenso a Tercera División en la temporada 1958-59.
Durante las siguientes ocho temporadas el club alfareño compitió con rivales de la talla del Deportivo Alavés, S. D. Eibar o C. D. Logroñés.
En la temporada 1981-82 el club riojano regresó de manera definitiva a categorías nacionales (exceptuando un breve paso por regional en el curso 1985-86), disputando en la temporada 1990-91 su primera promoción de ascenso a Segunda B dentro del Grupo B3 junto al C. D. Hernani (Equipo ascendido), U. D. Barbastro y C. D. Barquereño.
Diez años más tarde disputó su segunda promoción imponiéndose en el Grupo B3 al C. D. Aurrera de Ondarroa, C.D.
Un año duró el paso por la categoría al lograr el ascenso en la última jornada de la promoción frente a la S. D. Reocín.
Esta etapa en la categoría de bronce del fútbol español duró cuatro temporadas, donde logró su mejor clasificación histórica al finalizar en 9.ª posición en el curso 2003-04.
Pese a ello, el descenso administrativo del C. D. Logroñés[1] le permitió jugar la siguiente temporada en Segunda B[2] en la que fue su última experiencia en la categoría al finalizar en 19.ª posición y descender a Tercera División.