Su debut en Tercera División de España tuvo lugar en la temporada 2004-05 al dividirse el Grupo XV en dos subgrupos (uno para equipos navarros y otro para riojanos) y promocionarse hasta 10 equipos de la Preferente.
[1] Con el paso de las temporadas el club najerino se asentó en la categoría, llegando a lograr en la temporada 2010-11 su único campeonato liguero[2] y su primera clasificación para los play-off de ascenso a Segunda B.
La temporada siguiente disputó su primera eliminatoria en la Copa del Rey siendo derrotado 0-3 por la desaparecida U. D.
En la temporada 2008-09 el club riojano inscribió en la Regional Preferente de La Rioja un equipo filial denominado Náxara C. D.
Tras varios años, en la temporada 2021-22 se ha vuelto a formar un equipo filial denominado Náxara C. D. "B".