Se disputó en dos fases, la primera entre equipos de la misma comunidad autónoma entre septiembre y octubre.

La segunda fase fue la fase nacional, en la que los campeones de cada comunidad se enfrentaron a equipos eliminados de la primera ronda de la Copa del Rey.

La eliminatoria se decidió a ida y vuelta entre los días 9 y 24 de enero de 2013.

Ida Vuelta Sant Andreu gana 7–5 en el global tras prórroga Zaragoza B gana 2–1 en el global La Hoya Lorca gana 3–2 en el global Tenerife B gana por el valor doble de los goles en campo contrario Las semifinales del torneo se disputarán a ida y vuelta entre los días 7 y 21 de marzo de 2013.

Ida Vuelta Sant Andreu gana 4–0 en el global La Hoya Lorca gana 2–1 en el global tras prórroga La final del torneo se disputará a doble partido los días 4 y 11 de abril de 2013.