Se enfrentan todos contra todos en dos ocasiones -una en campo propio y otra en campo contrario- durante un total de 34 jornadas.
Una vez finalizada la competición, el primer clasificado asciende directamente a Segunda Federación y se proclama campeón de Tercera Federación.
Los clasificados entre el segundo y el quinto lugar disputan un Play Off territorial en formato de eliminatorias a doble partido ida y vuelta.
Los tres últimos clasificados descienden directamente a Regional Preferente de La Rioja.
[2] Los equipos que mantuvieron la categoría en la última temporada de Tercera Federación participan en la siguiente edición.