El Racing Rioja Club de Fútbol "B" fue creado en 2020 con el nombre de Racing Rioja Súper Nova "B".
[1] Tras dos años en categoría regional, el equipo consiguió el ascenso a Tercera Federación tras llegar a la final del playoff de ascenso en la temporada 2021-22[2], y quedar una plaza extra vacante por el ascenso del C. D. Alfaro a Segunda Federación en la promoción de ascenso a Segunda Federación 2022.
En su estreno en Tercera Federación, en la temporada 2022-23, el equipo perdió el apelativo de "Súper Nova", quedando el nombre en Racing Rioja Club de Fútbol "B".
Esa misma temporada se consumó el descenso a Regional Preferente a falta de cuatro jornadas para el final.
[3] Finalmente el club decidió no continuar con sus filiales, y no inscribió al equipo en la temporada 2023-24 de Regional Preferente.