El sistema de competición fue cambiado sobre la marcha al retrasarse el inicio de la competición, inicialmente previsto para el 8 de noviembre de 2020, a enero debido a las restricciones por la pandemia de Covid-19 en La Rioja.
Finalmente, los 16 equipos se enfrentaron en un único grupo y a una sola vuelta en una versión reducida de la competición.
[1] Los equipos que se clasificaran en los dos primeros puestos ascenderían directamente a Tercera RFEF, exceptuando filiales que ya dispongan de un equipo en la categoría inmediatamente superior.
El mejor entre los no ascendidos se ganaría el derecho a disputar la eliminatoria previa de la Copa del Rey de la Temporada 2021-22.
= Posición; Pts = Puntos; PJ = Partidos Jugados; PG = Partidos Ganados; PE = Partidos Empatados; PP = Partidos Perdidos; GF = Goles Anotados; GC = Goles Recibidos; Dif.