Tras finalizar en su primer año de competición en 4ª posición en Regional Preferente de La Rioja, ascendió a Tercera División gracias a la creación del Grupo XVI con equipos exclusivamente riojanos.
Tras dos temporadas en categorías nacionales el C. F. Ciudad de Alfaro descendió a regional, donde jugó las siguientes tres temporadas.
Tras un paso fugaz en la temporada 2011-12 por Tercera División, el equipo regresó a Regional Preferente de La Rioja logrando al año siguiente el título de campeón liguero y el ascenso de nuevo a la Tercera División.
En verano de 2015, tras disputar dos temporadas en Tercera División y regresar a Preferente el C. F. Ciudad de Alfaro alcanzó un acuerdo con el primer equipo del municipio C. D. Alfaro, por el cual pasaban a convertirse en su conjunto filial cambiando su denominación por C. D. Alfaro "B", absorbiendo sus categorías inferiores y modificando su equipación granate por la blanca del conjunto matriz.
Estadio La Molineta, con capacidad para 2.500 personas, cuyo uso comparte con su primer equipo.